培訓時間：2017年12月27-29日（周三至周五）
培訓地點：蘇州創(chuàng)騰科技培訓中心（江蘇省蘇州市工業(yè)園區(qū)東長路88號2.5產業(yè)園A2棟301室）
?培訓主旨：
本次培訓班旨在幫助學員快速了解并掌握Discovery Studio2017R2中多種經典的模擬技術——同源建模、分子對接、藥效團模型、蛋白設計，包括核心原理、參數(shù)設置技巧、結果分析、熱點問題的解決并快速上機操作。
?培訓對象：
從事藥物研發(fā)相關領域的科研工作者，從事蛋白質結構與功能關系研究相關領域的科研工作者，對分子模擬和Discovery Studio軟件感興趣、希望系統(tǒng)掌握軟件使用技巧、能夠快速上機模擬操作相關課題的老師和同學。
?培訓內容：
本次培訓課程將會圍繞Discovery Studio2017R2軟件中多種小分子對接算法、全方位的藥效團模型構建方法及應用策略、基于目前市場上最大最全藥效團模型數(shù)據(jù)庫的反向找靶、基于行業(yè)標準同源建模程序的蛋白結構預測與分析、以及業(yè)內認可度和使用率最高的蛋白對接方法、獨特靈活的蛋白虛擬氨基酸突變等技術方法展開介紹。
?培訓形式：
?1、通過文獻案例分析講解每一種模擬技術方法的應用以及原理介紹；
? 2、上機操作：講解每一種模擬技術方法的具體操作流程及參數(shù)設置（提供完整的培訓教程）；
? 3、學員交流與討論，工程師進行現(xiàn)場答疑答疑。
?課程安排：
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日 期 |
時 間 |
內 容 |
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第一天 |
08:00-09:00 |
報到和注冊 |
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報到地點：江蘇省蘇州市工業(yè)園區(qū)東長路88號2.5產業(yè)園A2棟301室 |
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09:00-10:45 |
Discovery Studio基本界面 |
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DS背景介紹，DS界面介紹，蛋白與小分子的預處理方法介紹與入門操作 |
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10:45-11:00 |
茶歇 |
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11:00-12:00 |
蛋白質三維結構的預測-同源建模MODELER |
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同源建模核心原理介紹，同源模板的選取技巧等。 |
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12:00-13:30 |
午餐 |
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13:30-15:00 |
蛋白質三維結構的預測-同源建模MODELER |
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同源建模參數(shù)設置講解、實際操作技巧及結果分析。 |
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15:00-15:15 |
茶歇 |
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15:15-17:15 |
蛋白-小分子對接LibDOCK |
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分子對接的核心與原理，蛋白活性位點定義方法，分子對接結果的分析，最優(yōu)對接構象的選取方法，LibDOCK的原理等； |
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LibDOCK參數(shù)設置技巧、實際操作技巧及結果分析。 |
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17:15-18:00 |
課程討論及答疑 |
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第二天 |
09:00-10:30 |
蛋白-小分子對接LigandFit |
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分子對接算法的選取方法，打分函數(shù)的選取方法， LigandFit的原理及蛋白活性位點定義方法、參數(shù)設置技巧、實際操作技巧等。 |
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10:30-10:45 |
茶歇 |
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10:45-12:00 |
蛋白-小分子對接CDOCKER |
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關鍵氨基酸的識別與顯示方法，作用機理的解釋手段，CDOCKER原理介紹、參數(shù)設置技巧和實際操作技巧等。 |
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11:45-13:30 |
午餐 |
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13:30-15:00 |
蛋白-小分子對接Flexible Docking |
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對接過程中蛋白分子柔性的考慮方法，F(xiàn)lexible Docking原理介紹、參數(shù)設置技巧和實際操作技巧等。 |
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15:00-15:15 |
茶歇 |
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15:15-17:15 |
蛋白-蛋白/核酸/多肽分子對接ZDOCK |
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大分子對接，蛋白-蛋白/核酸/多肽結合模式的確定，結合表面關鍵殘基的分析，原理介紹、案例分析、參數(shù)設置、實際操作技巧及結果分析。 |
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17:15-18:00 |
課程討論及答疑 |
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第三天 |
9:00-10:30 |
蛋白設計：蛋白虛擬氨基酸突變 |
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突變位點、突變組合的建議以提高蛋白復合物親和力或者提高蛋白的熱穩(wěn)性，pH和溫度等環(huán)境因素的考慮，原理介紹、參數(shù)設置、實際操作技巧及結果分析 |
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10:30-10:45 |
茶歇 |
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10:45-12:00 |
藥效團模型的構建及應用-定性藥效團模型的構建HipHop |
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經典的基于配體的藥物設計方法，訓練集分子的選取依據(jù)，藥效團模型的評價方法，基于藥效團的藥物虛篩方法。Hiphop參數(shù)設置技巧、實際操作技巧及結果分析。 |
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12:00-13:30 |
午餐 |
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13:30-15:00 |
藥效團模型的構建及應用-定量藥效團模型的構建HypoGen |
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經典的基于配體的藥物設計方法，訓練集分子的選取依據(jù)，藥效團模型的評價方法。HypoGen參數(shù)設置技巧、實際操作技巧及結果分析。 |
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15:00-15:15 |
茶歇 |
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15:15-16:15 |
藥效團模型的構建及應用-基于靶標結構的藥效團模型構建SBP |
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SBP方法的原理、實際操作方法。 |
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16:15-17:15 |
藥效團模型的構建及應用-基于受體-配體復合物的藥效團模型構建CBP |
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基于藥效團模型數(shù)據(jù)庫ＰharmaDB的反向找靶 |
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CBP方法的原理及操作，反向找靶的策略，基于藥效團反向找靶的結果分析，靶標的確認方法等。 |
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17:15-18:00 |
課程討論及答疑 |
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