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Spartan分子建模軟件包18版本正式發(fā)布

教育裝備采購(gòu)網(wǎng) 2019-01-04 13:32 圍觀3846次

Spartan分子建模軟件包18版本正式發(fā)布

本文由睿馳科技翻譯整理


Spartan 18中新增功能如下:


新的GUI相關(guān)功能:


· 增強(qiáng)2D草圖和3D構(gòu)建器之間的協(xié)作,從3D到2D(最多250個(gè)原子)的轉(zhuǎn)換功能,過(guò)渡箭頭的識(shí)別

· 通過(guò)各種數(shù)據(jù)的切換開關(guān)增強(qiáng)OUTPUT摘要和查看選擇

· 引入構(gòu)象分析和NMR分析的配方:可以使用多個(gè)計(jì)算引擎設(shè)置多步計(jì)算

· 將2D,3D圖表粘貼到光譜平移和繪圖平移

· Molecular Utility的原子重定位功能


計(jì)算的新擴(kuò)展:

· 并行處理超過(guò)16個(gè)線程:(大約64個(gè)線程和大約40倍的單核)*僅限Gt16版本

· Hartree-Fock和DFT的IR計(jì)算的并行處理

·添加七個(gè)或更多成員的環(huán)構(gòu)象分析規(guī)則

· 引入可由用戶更改的多級(jí)構(gòu)象分析配方

·介紹柔性分子的NMR分析方法:化學(xué)位移值加權(quán)和存在概率平均

· DP4

· 基本系列PCJ-0,PCJ-1,PCJ-2,用于耦合常數(shù)計(jì)算

Spartan分子建模軟件包18版本正式發(fā)布


使用Spartan 18可計(jì)算出的屬性:

-原子電荷:由于靜電勢(shì)分布的適應(yīng)性,Mulliken的充電,NBO的充電,充電

-熱力學(xué)常數(shù):根據(jù)分子結(jié)構(gòu)和振動(dòng)計(jì)算計(jì)算熵,熵,自由能,同位素效應(yīng)。

-靜電特性:偶極矩,四極矩,多極矩,極化率,超極化率(僅半經(jīng)驗(yàn))(包括α,β和γ項(xiàng))。

-酸度/堿度:計(jì)算酸度,常見羧酸和胺的堿度

-附加屬性:分子量,表面積,體積,對(duì)稱,HOMO,LUMO能級(jí),PSA,極地區(qū)域,的LogP,圓度,Q型減,Q-另外,電負(fù)性,硬度

-紅外光譜:輸出IR(分子振動(dòng))計(jì)算結(jié)果作為紅外光譜圖,讀取實(shí)驗(yàn)值,重寫,擬合函數(shù)到實(shí)驗(yàn)值。動(dòng)畫顯示振動(dòng)模式

-溶劑效果:C-PCM,SS(V)PE,SM 3,SM 6,SM 5.4,SM 5.0 R,SM 8,SM 12

-NMR計(jì)算:Hartree-Fock法和DFT模型的化學(xué)位移校正和配方介紹

-紫外/可見光譜:CIS / CIS(D)或TDDFT



Spartan 18 配備的計(jì)算方法:

-分子力場(chǎng):在獲得大分子結(jié)構(gòu)或高度柔性分子的構(gòu)象分析的情況下,分子力場(chǎng)可以說(shuō)是唯一現(xiàn)實(shí)的方法。

force field參數(shù)實(shí)現(xiàn)兩種類型的SYBYL力場(chǎng)和MMFF 94力場(chǎng),SYBYL擴(kuò)展為完整周期表中的元素。MMFF 94參數(shù)化以再現(xiàn)有機(jī)分子和生物聚合物的結(jié)構(gòu)和構(gòu)象。

-半經(jīng)驗(yàn)分子軌道:半經(jīng)驗(yàn)分子軌道計(jì)算是最簡(jiǎn)單的量子化學(xué)方法,可用于確定平衡和過(guò)渡態(tài)的結(jié)構(gòu)或能量。特別是在PM3中,過(guò)渡金屬元素等被擴(kuò)展,并且它可以應(yīng)用于諸如包括這種原子種類的無(wú)機(jī)或有機(jī)金屬配合物的模型。Spartan '06 for Windows支持三種AM1,PM3,MNDO和MNDO / d,具有d軌道擴(kuò)展作為典型元素的一部分。PM3幾乎可以處理所有過(guò)渡元素。

它支持AM1,PM3,MNDO,RM1,PM6五種方法。


方法(并行處理可用于藍(lán)色字母的 Parallel Suite,并行處理適用于GT 16)

-Hartree-Fock 分子軌道:Hartree-Fock分子軌道計(jì)算可用于計(jì)算分子結(jié)構(gòu),能量和其他各種性質(zhì),對(duì)計(jì)算有機(jī)分子特別有效。它支持標(biāo)準(zhǔn)的基礎(chǔ)功能,例如以下:STO-3G,3-21G,6-31G *,6-311G *,CC-pVDZ,CC-pVTZ和CC-pVQZ,(d),( d,p),(2d)的 ,(2D,2P),(2DF,2DP),(3D,3P),(3DF,3DP) 每分機(jī),或單獨(dú)的p軌道和d軌道指定的可能的延伸贗勢(shì)也可用于含有重元素的系統(tǒng)中。Spartan還可以導(dǎo)入和添加基本功能,或者您可以使用用戶定義的基本功能。還引入了雙基礎(chǔ)集?;跀_動(dòng)理論的多個(gè)基函數(shù)的組合提高了計(jì)算精度和速度。



Spartan 18 任務(wù)的種類:

-能源:計(jì)算總能量(Hartree-Fock,DFT方法,Molller-Preset,高階電子相關(guān)),生成熱(半經(jīng)驗(yàn)方法)和失真能量(分子力場(chǎng))。

-均衡結(jié)構(gòu):執(zhí)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化以獲得局部最小值

-遷移狀態(tài)結(jié)構(gòu):尋求轉(zhuǎn)變結(jié)構(gòu),作為該選項(xiàng)可以進(jìn)行固有反應(yīng)坐標(biāo)分析

-IR譜:使用MP3,MP4和除高階電子相關(guān)性之外的所有其他方法可以進(jìn)行振動(dòng)計(jì)算

-核磁共振譜:通過(guò)Hartree-Fock和DFT方法計(jì)算化學(xué)位移COZY NOESY圖創(chuàng)建可能性HH耦合常數(shù)

-拉曼光譜:Hartree-Fock和DFT

-紫外/可見光譜:Hartree-Fock / CIS和DFT / TDDFT

-構(gòu)象分析:創(chuàng)建可能穩(wěn)定的星座列表,并單獨(dú)保存最穩(wěn)定的結(jié)構(gòu)。添加了生成庫(kù)以覆蓋具有最小構(gòu)象異構(gòu)體的構(gòu)象空間的功能。(用于分子的相似性分析)

-能源概況:指定特定的內(nèi)部坐標(biāo)系并計(jì)算能量以創(chuàng)建配置文件。它有助于沿反應(yīng)坐標(biāo)系搜索過(guò)渡結(jié)構(gòu)和由于構(gòu)象導(dǎo)致的能壘。也可以對(duì)多個(gè)參數(shù)進(jìn)行網(wǎng)格掃描。

-分子相似性分析:通過(guò)分子評(píng)分分析分子或藥效團(tuán)之間的相似性。在分子的情況下,您可以選擇通過(guò)分子結(jié)構(gòu)評(píng)分或通過(guò)CFD評(píng)分。


Spartan分子建模軟件包18版本正式發(fā)布


Spartan 18的其他功能:

-核磁共振配方:我們實(shí)施了高效NMR分析的配方。在通過(guò)分子力場(chǎng)進(jìn)行構(gòu)象分析后,我們使用多個(gè)計(jì)算引擎,如HF和DFT,最后我們通過(guò)存在概率計(jì)算化學(xué)位移的加權(quán)平均值。

-列表處理:在Spartan中,電子表格可用于列出多個(gè)分子并自動(dòng)按順序處理。操作方法與設(shè)置單個(gè)分子文件的方法相同。斯巴達(dá)可以使用多達(dá)100個(gè)分子列表。(它不對(duì)應(yīng)于數(shù)千個(gè)文件的列表)

-NOE:NOE數(shù)據(jù)可用作構(gòu)象分析的后處理。

-IR,UV / Vis網(wǎng)絡(luò)訪問(wèn):通過(guò)互聯(lián)網(wǎng)訪問(wèn)NIST的公共數(shù)據(jù)庫(kù),您可以獲得大約14,000個(gè)紅外光譜和大約1,500個(gè)紫外/可見光譜

-NMR化學(xué)位移的Web訪問(wèn):您可以通過(guò)互聯(lián)網(wǎng)訪問(wèn)科隆大學(xué)的公共數(shù)據(jù)庫(kù),并獲得大約15,000個(gè)關(guān)于核磁共振譜的信息。

-切出??空军c(diǎn):我們將從含有配體的生物聚合物的PDB文件中切出配體及其環(huán)境。可以選擇分子結(jié)構(gòu),部分結(jié)構(gòu),CFD。

-約束(凍結(jié))條件:進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化和構(gòu)象分析時(shí),你可以給凍結(jié)的約束和原子坐標(biāo)恒內(nèi)部坐標(biāo)系統(tǒng)相同。

-數(shù)據(jù)庫(kù)轉(zhuǎn)換用戶數(shù)據(jù):Spartan分子數(shù)據(jù)庫(kù)(SMD)和Spartan光譜和屬性數(shù)據(jù)庫(kù)(SSPD)是可擴(kuò)展的。用戶可以以.spentry格式(Spartan Dtabase格式)保存Spartan的專有數(shù)據(jù),構(gòu)建自定義數(shù)據(jù)庫(kù)并擴(kuò)展計(jì)算機(jī)模型,以擴(kuò)展Spartan中可用的分子類型。


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點(diǎn)擊進(jìn)入北京環(huán)中睿馳科技有限公司展臺(tái)查看更多 來(lái)源:教育裝備采購(gòu)網(wǎng) 作者:睿馳科技 責(zé)任編輯:張肖 我要投稿
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