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Sequencher是DNA 序列分析的工業(yè)標準軟件。它可以和全部自動序列分析儀一同工作，并且因為它的Contig 組裝、很短的學(xué)習(xí)曲線、用戶友好的編輯工具，以及突出的技術(shù)而眾所周知。從差不多15年前初次版本到現(xiàn)在，Sequencher在基因和制藥公司中應(yīng)用于序列分析任務(wù)，Sequencher被生命科學(xué)研究者們使用于很多不同的 DNA 序列分析應(yīng)用方面，包括基因重組、突變檢測、法醫(yī)的人體辨別，以及分類學(xué)等等...
Sequencher內(nèi)含多種拼接算法，還有功能的序列編輯工具、具有ORF分析，酶切位點作圖、雜合子識別等分析功能?？梢詰?yīng)用于雜合子和SNP的檢測和分析，cDNA到染色體DNA的大型間隙對準，比較排序，對置信評分的、ORD轉(zhuǎn)換、GeneBank化導(dǎo)入、以及限制酶映射等等，序列比對可直接用MEGA操作，編輯更方便，比對時間稍短。Sequencher新版本為5.4.6。
DNA序列分析的新功能和增強功能：
Sanger：
從Primer-BLAST發(fā)送引物對序列，在Sequencher Connections中運行到Sequencher項目
使用項目窗口中的共有序列作為混合測序項目的NGS的參考序列
New Batch Revert Trim Ends命令
能夠在項目窗口中調(diào)整字體大小
NGS：
更快的GSNAP 和 BWA-MEM工作流程
構(gòu)建可重復(fù)用于與全基因組的GSNAP數(shù)據(jù)庫和BWA索引
使用FastQC報告查看和保存NGS原始數(shù)據(jù)文件的質(zhì)量得分和元數(shù)據(jù)
生成變體調(diào)用文件（VCF）以使用SAMtools標記NGS對齊中的變體
RNA-Seq：
擴展袖和套裝，加入Cuffquant和Cuffnorm
Cuffdiff和Cuffnorm的條件和重復(fù)編輯器
增強的RNA-Seq可視化，具有自定義排序和過濾選項
使用增強的外部數(shù)據(jù)瀏覽器管理DNA-Seq和RNA-Seq項目
Sequencher 產(chǎn)品：
SNP 檢測 (SNP Detection)
序列裝配 (Sequence Assembly)
序列編輯 (Sequence Editing)
自動分析 (Automated Analysis)
矢量微調(diào) (Vector Trimming)
SNP 檢測
使用 Sequencher 來進行比較對準以便鑒別和報告 SNP 以及突變。
例如，調(diào)用峰，功能分析你的序列以尋找潛在的雜合子。你可以控制定義雜合子的嚴格度。
在裝配總攬中表示出雜合子的位置
你可以從雜合子跳到下，而需要在 Base View 里面按一下空格鍵。你還可以觀察及其參考序列的轉(zhuǎn)換。
及其參考序列的區(qū)別會列在可導(dǎo)出的表格內(nèi)。參考序列從裝配到下裝配時，SNP 的數(shù)目保持。
序列裝配
Sequencher 的裝配算法可以將你的 DNA 片斷而又的裝配起來。自覺的工具允許你在數(shù)秒內(nèi)就可以設(shè)置好參數(shù)并且調(diào)整它們。
你可以不顧方向的裝配序列。Sequencher 會比較前端和反轉(zhuǎn)補體方向來裝配可能的 Contig。
將 Sequencher 的多功能裝配工具應(yīng)用到：
確定矢量構(gòu)造
裝配病毒和細菌基因組
從 DNA 庫中聚類數(shù)以萬計的序列
將基因變體和參考序列做差異化數(shù)據(jù)
創(chuàng)建引物地圖
將 DNA 裝配成基因組序列
以及項目...
Sequencher能夠給你足夠的信心認為序列是決定正確的。你可以只觀察序列的色譜圖，你也可以從前端或反方向同時查看多個對齊的色譜圖。在你的已對齊數(shù)據(jù)中滾動式很的。你可以使用Sequencher的選擇工具來高亮不或者低質(zhì)量的區(qū)域。
下一代DNA測序（NGS）
Sequencher通過將新的同行評審的NGS算法從命令行中帶入直觀的點擊界面，為臺式科學(xué)家提供。是執(zhí)行參考引導(dǎo)的比對，從頭組裝，變體調(diào)用還是SNP分析，Sequencher都擁有獲得結(jié)果的工具。Sequencher了的Cufflinks套件，用于深入轉(zhuǎn)錄分析和RNA-Seq數(shù)據(jù)的差異基因表達。Sequencher可以使用自定義圖表和圖表生成RNA-Seq數(shù)據(jù)的可視化，從而在幾秒鐘內(nèi)為您提供可用于發(fā)布的圖形。
Sanger DNA分析
Sequencher廣泛的Sanger分析功能是它構(gòu)建的基礎(chǔ)。從頭到尾可定制。憑借易于使用的界面已經(jīng)磨煉超過25年，初次用戶將在幾分鐘內(nèi)感覺像人士。修剪讀取，自定義裝配和對齊算法，變化表，摘要報告，注釋等內(nèi)容。
序列編輯
Sequencher 能夠給你足夠的信心認為序列是正確的。你可以只觀察序列的色譜圖，你也可以從前端或反方向同時查看多個對齊的色譜圖。 在你的已對齊數(shù)據(jù)中滾動是很的。你可以使用 Sequencher 的選擇工具來高亮不或者低質(zhì)量的區(qū)域。
自動分析
Sequencher 可對你的數(shù)據(jù)進行批處理，這個過程是透明、用戶可定義、可恢復(fù)的，并且 Sequencher 不為了自動化的目的而破壞你科學(xué)結(jié)論的正確性。
當你工作在多個序列時，Sequencher 可以：
調(diào)用峰
調(diào)整矢量
調(diào)整低質(zhì)量的尾端
創(chuàng)建序列
恢復(fù)到實驗數(shù)據(jù)
Sequencher 總是管理兩份數(shù)據(jù)，一份編輯過的，一份則是原始的導(dǎo)入數(shù)據(jù)。當你應(yīng)用“Revert to Experimental Data”命令到在你項目中已選定的序列或者在一序列中的選中部分時，你可以撤銷或者部分編輯動作。
自從 4.5 以后，Sequencher 就了新的自動化工具，“Assemble by Name”。依靠“Assemble by Name”，你可以選擇片段名的一部分作為共享的標識符，或者說是“裝配句柄”。Sequencher 就可以將選擇和名字自動轉(zhuǎn)換為 Contig。例如，通過按鈕的點擊，你就可以將 90 個文件，45對前端和反向序列轉(zhuǎn)換成 45 個根據(jù)你的病人編號命名的 Contig。裝配參數(shù)的變化都會重組你的片段，因此你可以根據(jù)克隆編號、日期、引物，或者你記錄在序列名稱中的，來裝配 Contig。
如果你做了排序，你會感激“Assemble by Name”，尤其是在你有個帶有標準引物集的樣本序列時。事實上，在序列名中具有可用信息人的人，都有可能使用“Assemble by Name”。一些應(yīng)用：
用于身份鑒定和人口研究的 MHC 和線粒體基因排序。
候選基因的 PCR 產(chǎn)品的分析。
對保存的跨系統(tǒng)分類物種基因的排序。
通過跟蹤病毒對抗病毒劑或疫苗的抗藥性，對病毒序列進行監(jiān)控。
即使在項目中只有 Contig，“Assemble by Name”仍然是有用的，因為它 Contig 的名稱可以較地表述樣本的名稱。如果你有命名為“Bob”的樣本，那么正確命名你的 Contig 并不是什么難事，但你有象“Bob-2309888762-4321”這樣更復(fù)雜的名字時，允許 Sequencher 命名你的 Contig 是有用的。
矢量調(diào)整
自動排序器以基礎(chǔ)調(diào)用錯誤生成結(jié)果。從 DNA 庫克隆的序列通常矢量序列、polyA 尾，或不相關(guān)序列。內(nèi)含子和引物序列通常會和放大的外顯子序列側(cè)面相連。不調(diào)整的話，這些污染物會扭曲你的裝配和下游分析。 Sequencher 允許你調(diào)整低質(zhì)量或者含糊的數(shù)據(jù)?！癟rim Ends”將令人誤解的數(shù)據(jù)從序列片段的尾部去除。“Trim Vector”將污染序列尾部的序列數(shù)據(jù)移除?！癟rim to Reference”剔除超出裝配參考序列的序列尾部
在執(zhí)行調(diào)整之前，Sequencher 會顯示計劃調(diào)整的圖形描述，這個功能允許你重新定義你的條件。
系統(tǒng)要求：
Mac要求：
Mac平臺當前版本的Sequencher 5.4.6版本：10.7、10.8、10.9、10.10、10.11、10.12、10.13和10.14
在Mac上Sequencher的硬盤空間要求為355MB
在Mac上運行Sequencher的內(nèi)存要求是8GB RAM。使用DNA-Seq工具處理NGS數(shù)據(jù)需要額外的6GN RAM。對于GSNAP，建議16GB。
Windows要求：
操作系統(tǒng)：Windows 10，Windows 8.1，Windows 8和Windows 7Sequencher 4.8和版本。Sequencher 5.4不再提供Windows XP。Sequencher 5.4.1不再提供Windows Vista。Sequencher 5.4.6不再Windows 7.
Windows上Sequencher的硬盤空間要求為280MB
在Windows上運行Sequencher的內(nèi)存要求是3GB RAM
注意：Apple發(fā)行時，Sequencher5.4.6將與MacOS Catalina（10.15）不兼容。為了繼續(xù)使用Sequencher 5.4.6，請暫時不要升級MacOS。
