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DNA Sequence Assembler是一款易于使用的生物信息學(xué)軟件，用于自動(dòng)DNA序列組裝、DNA序列分析、重疊群編輯、文件格式轉(zhuǎn)換和突變檢測(cè)。
DNA Sequence Assembler是可以自動(dòng)化組裝過(guò)程的工具：
自動(dòng)檢測(cè)和修剪樣品的低質(zhì)量區(qū)域
自動(dòng)修剪載體/引物序列
自動(dòng)糾正重疊群中的歧義
自動(dòng)將contig保存到磁盤(pán)
使用DNA Sequence Assembler，您只需5秒即可從未組裝的樣本（具有不可信末端和向量的“dirty"樣品）到結(jié)尾輸出數(shù)據(jù)（重疊群、清理并保存到磁盤(pán)）。
使用DNA Sequence Assembler，您還可以：
將多個(gè)DNA樣本組裝或比對(duì)到參考序列
按名稱(chēng)批量組裝或?qū)R序列組（它將自動(dòng)識(shí)別序列對(duì)）
瀏覽文件夾時(shí)預(yù)覽FASTA序列和色譜圖
查看、分析和編輯ABI、SCF、FASTA、SEQ、TXT、GBK序列
用顏色標(biāo)記特定的色譜圖區(qū)域（如差異、低質(zhì)量區(qū)域）并快速導(dǎo)航到這些區(qū)域
在不同的文件格式（ABI、SCF、SEQ、FASTA、multi-FASTA、GBK...)之間進(jìn)行轉(zhuǎn)換或批量轉(zhuǎn)換
檢測(cè)雙峰突變
檢測(cè)兩個(gè)（或多個(gè)）色譜圖之間的突變
使用嵌入式堿基調(diào)用程度重新調(diào)用未確定(N)堿基
重新評(píng)估基礎(chǔ)質(zhì)量(QV)
使用同步的色譜圖/組裝網(wǎng)格/重疊群圖輕松概覽您的項(xiàng)目
DNA Baser Sequence Assembler的主要的特點(diǎn)是它自動(dòng)化了DNA序列組織過(guò)程。只需將程序指向您的樣本所在的文件夾，程序就會(huì)為您完成全部步驟。
一些核心功能是：
色譜圖壞端的自動(dòng)清理
自動(dòng)識(shí)別序列（載體、引物）清理
自動(dòng)更正contig中的模糊堿基。您將永遠(yuǎn)不必編輯您的重疊群
自動(dòng)將contig、日志和項(xiàng)目數(shù)據(jù)保存到磁盤(pán)
自動(dòng)引物檢測(cè)和載體去除
自動(dòng)批量組裝?？梢砸淮谓M裝數(shù)千個(gè)重疊群
組裝參考
色譜圖和重疊群之間的同步顯示，這使得迷糊堿基的校正更快更方便
歧義/不匹配之間的快速導(dǎo)航。只需單擊一下即可跳轉(zhuǎn)到下一個(gè)不匹配項(xiàng)
集成堿基檢出器
色譜圖查看器和編輯器（ABI和SCF）
項(xiàng)目圖
準(zhǔn)確度
將項(xiàng)目（輸入序列、重疊群、用戶(hù)編輯等）保存到磁盤(pán)以供以后檢查/編輯。您可以稍后將其他樣本添加到您的conting
記住用戶(hù)所做的基本編輯
嵌入式生物學(xué)工具
批量序列處理（批量結(jié)束修剪、向量去除、元數(shù)據(jù)集成、FASTA轉(zhuǎn)換...）
批量元數(shù)據(jù)集成工具（只限RNA Baser）
克隆庫(kù)取消復(fù)制器
全部轉(zhuǎn)換為multi-FASTA轉(zhuǎn)換器
全部轉(zhuǎn)換為FASTA轉(zhuǎn)換器
GenBank到FASTA轉(zhuǎn)換器
反向補(bǔ)充
一鍵轉(zhuǎn)換多種文件格式
【英文介紹】
DNA Sequence Assembler is revolutionary bioinformatics software for automayic DNA sequence assembly, DNA sequence analysis, contig editing, file format conversion and mutation detection.
DNA Sequence Assembler is the only tool that fully automated the assembly process:
Automatically detect and trim low quality regions of your samples
Automatically trim vector/primer sequences
Automatically correct the ambiguities in your contig
Automatically save the contig to disk
With DNA Sequence Assembler you need ONLY 5 (five) seconds to go from unassembled samples ("dirty" samples with untrusted ends and vectors) to the final output data (the contig, cleaned and saved to disk).
With DNA Sequence Assembler you can also:
Assemble or align multiple DNA samples to a reference sequenceBatch assemble or align groups of sequences by name (it will automatically recognize sequence pairs)
Preview FASTA sequences and chromatograms as you navigate through your folders
View, analyze and edit ABI, SCF, FASTA, SEQ, TXT, GBK sequences
Mark specific chromatogram regions (like discrepancies, low-quality areas) with colors & quickly navigate to these regions
Convert or batch-convert between different file formats (ABI, SCF, SEQ, FASTA, multi-FASTA, GBK...)
Detect double peak mutations
Detect mutations between two (or more) chromatograms
Use the embedded base caller to re-call undetermined (N) bases
Reassess the base quality (QV)
Easily overview your project using the synchronized chromatogram/assembly grid/contig map
