利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、啟動子(Promoter)
NCBI (National Center for Biotechnology Information)是指美國國立生物技術(shù)信息中心。理解自然無聲但精妙的關(guān)于生命細胞的語言是現(xiàn)代分子生物學(xué)的要求。
發(fā)現(xiàn)新的手段去處理這些數(shù)據(jù)的容量和復(fù)雜性，并且為研究人員提供更好的便利來獲得分析和計算的工具，以便推動對我們遺傳之物和其在健康和疾病中角色的理解。
NCBI首先創(chuàng)建GenBank數(shù)據(jù)庫，在重點開發(fā)GenBank的同時，又于1991年開發(fā)了Entrez 數(shù)據(jù)庫檢索系統(tǒng)。該系統(tǒng)整合了GenBank、EMBL、PIR和SWISS-PROT等數(shù)據(jù)庫的序列信息以及MEDLINE有關(guān)序列的文獻信息，并通過相關(guān)鏈接，將他們有機地結(jié)合在一起。NCBI還提供了其它數(shù)據(jù)庫，包括在線人類孟德爾遺傳(OMIM)、三維蛋白結(jié)構(gòu)的分子模型數(shù)據(jù)庫(MMDB)、人類基因序列集成(UniGene)、人類基因組基因圖譜(GMHG)、生物門類(Taxonomy) 等數(shù)據(jù)庫。上海創(chuàng)賽科技提供豬白細胞介素6Elisa試劑盒，Porcine Interleukin-6,IL-6 ELISA Kit ,商品編號：LH-E10103PO-96T，價格1530元。
下面以人的IL6(白細胞介素6)為例講述一下具體的操作步驟
1.打開Map viewer 頁面，網(wǎng)址為：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/index.html在search 的下拉菜單里選擇物種，for 后面填寫你的目的基因。操作完畢如圖所示：
2.點擊“GO”出現(xiàn)如下頁面：
3.在步驟二圖示的右下角有一個Quick Filter,下面是讓你選擇的幾個復(fù)選框，在Gene前面的小方框里打勾，然后點擊Filter. 出現(xiàn)下圖：
4.點擊上述三條序列第一條序列(即reference)對應(yīng)的"Genes seq"，出現(xiàn)新的頁面，頁面下方為：
5.點擊上圖出現(xiàn)的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下載查看序列等功能，結(jié)果如圖所示：
先對上面這張圖做點簡要的說明，在Sequence Format(序列輸出格式)后面是一個下拉式選擇菜單，默認的為FASTA 格式，還有一個是GenBank 格式。我推薦大家選擇GenBnak格式，因為這個格式提供了很多該基因的信息，而FASTA 格式只有基因序列。
6.在Sequence Format 后選擇GenBank，然后點擊下面的Display，目的基因的相關(guān)信息和序列就出現(xiàn)在眼前了。在上述打開的網(wǎng)頁中，你可以看到基因長度，基因序列，以及這個基因是如何被報道出來的等各種信息。
圖中: mRNA join(3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..8394)這代表了從基因的3598 位開始就是轉(zhuǎn)錄區(qū)了，即我們常說的mRNA 片斷，由于內(nèi)含子的存在，所以mRNA 在DNA 序列上分成了幾段。
CDS join(3660..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..7970)
CDS 代表編碼序列，即蛋白編碼區(qū)是從3660 開始的(ATG)，由于剪接作用所以CDS 區(qū)也是不連續(xù)的。
說到這里，可能很多朋友都已經(jīng)明白了promoter 即啟動子區(qū)域在哪里了：轉(zhuǎn)錄起始位點前面是基因的調(diào)控區(qū)，啟動子區(qū)沒有明顯的位置定義，大家也只是猜測它的大體位置，如果要研究promoter 區(qū)的話，建議選擇轉(zhuǎn)錄起始位點前的2000個堿基進行研究，一般默認的是這樣。當然如果覺得長度太長不好研究的話，也可以只研究-1000 到0 這一千個堿基，因為一般情況下，啟動子區(qū)的變異都在這個區(qū)域內(nèi)。
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