如何查找連續(xù)的mRNA、cDNA、蛋白序列

　　(以人類的IL6 為例)

　　1、進(jìn)入NCBI 主頁(yè)：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/在search 后面選擇Gene，在for 后面填寫需要查找的基因的名字。如圖所示：

　　點(diǎn)擊“Go”，出現(xiàn)以下界面：

　　出現(xiàn)了很多基因序列，在每個(gè)序列的右邊還有“Order cDNA clone” 的鏈接，這些序列中有些序列是跟你的目的基因同名的，有些是別名(Other Aliases)與你的目的基因一致，根據(jù)每個(gè)序列的介紹認(rèn)真選擇你的目的基因。上圖中我需要的IL6 是標(biāo)號(hào)為2 的序列。

　　2、查找cDNA 序列

　　點(diǎn)擊Order cDNA clone, 出現(xiàn)目的頁(yè)面如圖所示：

　　點(diǎn)擊Clone Sequence 后面的鏈接即可得到cDNA 序列。點(diǎn)擊后如圖所示(只抓取其中一部分)：

　　3、查找mRNA、蛋白序列

　　回到步驟1 點(diǎn)擊“Go”之后出現(xiàn)的頁(yè)面，點(diǎn)擊目的基因的名字，出現(xiàn)以下頁(yè)面(只抓取相關(guān)部分)：

　　頁(yè)面的下半部分，即可以獲取mRNA 和蛋白序列的部分：

　　找到“NCBI Reference Sequences (RefSeq)”，它分為幾個(gè)板塊，第一個(gè)“mRNA and Protein ”區(qū)可以讓我們找到連續(xù)的編碼mRNA 序列和蛋白序列。在mRNA and Protein下面有兩個(gè)序列代碼(中間劃有一個(gè)箭頭)，這代表了mRNA 序列和蛋白序列。分別點(diǎn)擊就可以得到相應(yīng)的序列頁(yè)面。點(diǎn)擊后如圖所示，mRNA 序列：

　　蛋白序列如下：

　　NCBI Reference Sequences (RefSeq)的第二個(gè)板塊是Reference assembly，它下面顯示的是Genomic ，點(diǎn)擊Genomic 下面Reference assembly 對(duì)應(yīng)的Genbank 或FASTA 即可出現(xiàn)編碼的DNA 序列(注意：只是編碼序列，其中包括內(nèi)含子，但一般沒有5‘非編碼區(qū))。

　　這樣就可以找到基因的cDNA 序列、連續(xù)的編碼mRNA 序列、蛋白序列以及含有內(nèi)含子的編碼DNA 序列了。

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