ProMass HR應(yīng)用程序！
ProMass HR功能
ProMassHR包括用于高分辨率數(shù)據(jù)處理的功能。
ProMassHR包括標(biāo)準(zhǔn)的ProMass反卷積算法以及完整的Positive Probability Ltd（PPL）數(shù)據(jù)處理包。
PPL算法包括：去同位素（用于單同位素質(zhì)量測(cè)定同位素解析質(zhì)譜），峰建模和形狀解卷積，和PPL電荷反卷積算法。
PPL峰形去卷積可與ProMass電荷結(jié)合使用去卷積以增強(qiáng)生物分子質(zhì)譜的分辨率（例如單抗）進(jìn)行電荷反卷積之前。 這可以用低分辨率數(shù)據(jù)！
ProMassHR可以引用嵌入了PPL的ProMass參數(shù)文件自動(dòng)處理整個(gè)LCMS數(shù)據(jù)集的方法Xcalibur示例列表。
ProMassHR使用與Web相同的易于使用的基于Web的界面輸出結(jié)果標(biāo)準(zhǔn)的ProMass Deconvolution軟件包。
ProMass HR的優(yōu)勢(shì)
對(duì)于脫同位素而言，質(zhì)量精度與儀器的質(zhì)量精度相當(dāng)。對(duì)于Orbitrap，通常為3 ppm或更高！可獲得最佳質(zhì)量精度通過平均質(zhì)量反卷積可以得到50 – 100 ppm（最佳）。
較高的質(zhì)量精度可更可靠地識(shí)別雜質(zhì)和代謝物與平均質(zhì)量反卷積的比較，從而減少了錯(cuò)誤由于化學(xué)背景的陽性鑒定。
脫同位素算法速度快！ 38的復(fù)雜色譜圖在現(xiàn)代計(jì)算機(jī)上，色譜峰的處理時(shí)間約為1分鐘。
對(duì)于去同位素，用戶可以定義自定義的晶胞分子式對(duì)研究中的分子類型具有特異性（不僅限于肽特異性公式）。這樣可以實(shí)現(xiàn)寡核苷酸的精確去同位素不尋常的元素組成（例如，硫代磷酸酯寡核苷酸）。
對(duì)于同位素未解析的數(shù)據(jù)，具有結(jié)合PPL峰的能力用ProMass電荷反褶積實(shí)現(xiàn)高度魯棒性完整的蛋白質(zhì)分析，具有更高的分離度和最小的去卷積神器峰。
ProMass HR手動(dòng)數(shù)據(jù)處理預(yù)定義的PPL方法
步驟1.在Xcalibur Qual Browser中打開原始數(shù)據(jù)文件
對(duì)主峰周圍的掃描求和，以獲得光譜類似于左圖。
右鍵單擊質(zhì)譜圖，然后選擇導(dǎo)出| 剪貼板（精確質(zhì)量）。 這會(huì)將顯示的光譜導(dǎo)出到剪貼板。
步驟2.選擇預(yù)定義的脫同位素方法。 PPL該軟件包含以下方法：
針對(duì)DNA分析進(jìn)行了優(yōu)化。 單擊粘貼和過程
按鈕，如左圖所示。
步驟3。將顯示已脫同位素的質(zhì)譜數(shù)據(jù)處理完成后，在Web瀏覽器窗口中顯示。
寡核苷酸的確切質(zhì)量在報(bào)告中為7399.2。ProMass Web報(bào)告
設(shè)置PPL方法-PPL數(shù)據(jù)處理步驟
每種PPL數(shù)據(jù)處理方法都包括一系列步驟，需要執(zhí)行以達(dá)到最終結(jié)果。
最終結(jié)果通常是去同位素或電荷去卷積質(zhì)譜。
基本步驟如下：
1. 基線校正–消除頻譜中的噪聲（或駝峰）：基線
2. 峰形建模–確定描述的最佳峰模型：原始數(shù)據(jù)（無噪音）
3. 峰解卷積（或質(zhì)心）–生成解卷積峰列表：根據(jù)輸入質(zhì)譜和峰形模型
4. 脫同位素或電荷解卷積–使用：輸入和所選處理參數(shù)的反卷積峰列表
一旦創(chuàng)建了PPL方法，ProMass HR可以在ProMass參數(shù)文件，用于手動(dòng)或自動(dòng)數(shù)據(jù)處理。
單個(gè)通用PPL方法和相關(guān)的ProMass參數(shù)文件可以是用于多種相同類型的樣品（例如，相同的近似組成和MW范圍。）
PPL指導(dǎo)的處理工具使創(chuàng)建PPL方法相對(duì)容易直截了當(dāng)。
創(chuàng)建用于去同位素的PPL方法-建立峰模型
定義模型峰。 PPL將使用峰模型設(shè)置對(duì)所有形狀進(jìn)行建模原始數(shù)據(jù)峰用于峰解卷積。 在引導(dǎo)處理模式下，ReView將根據(jù)您的數(shù)據(jù)集自動(dòng)為您生成一個(gè)峰模型。 在上面例如，藍(lán)色軌跡是建模數(shù)據(jù)，綠色軌跡是原始數(shù)據(jù)（基線更正的）數(shù)據(jù)。
PPL脫同位素-晶胞定義
對(duì)于去同位素，晶胞組成定義了近似值用于研究分子類型的分子式。 在里面在左側(cè)的示例中，我們輸入了一個(gè)近似的構(gòu)圖A，C，T和G相等的20-mer DNA的典型組成核苷酸。
原子彼此之間的比率（不是絕對(duì)原子數(shù)）是重要的。 因此，DNA 20-mer的單位細(xì)胞設(shè)置將10-mer或60-mer的效果同樣好。
下表列出了一些有用的常見單位單元格公式寡核苷酸分析。
如果使用肽和蛋白質(zhì)，則使用Averagine配方可以使用：C 4.9384 H 7.7583 N 1.3577 O 1.4773 S 0.0417。
自動(dòng)化ProMass HR Deisotoping設(shè)置
在樣本列表中設(shè)置了以下字段，用于ProMass自動(dòng)化處理：
Proc Meth –使用的質(zhì)量處理方法峰色譜圖。
BioSequence –寡核苷酸序列
ZNova Params – ProMass參數(shù)文件
目標(biāo)信息–有關(guān)目標(biāo)群體的信息
要處理此數(shù)據(jù)集，請(qǐng)單擊“批處理”按鈕。
選擇“批量重新處理設(shè)置”中顯示的選項(xiàng)對(duì)話框顯示在右側(cè)。
單擊確定開始處理數(shù)據(jù)。
處理完成后，啟動(dòng)ProMass HR，然后單擊ProMass瀏覽器按鈕。
