導(dǎo)讀

　　監(jiān)測(cè) SARS-CoV-2 病毒 Omicron 變體的譜系仍然是一個(gè)重要的健康考慮因素。世界衛(wèi)生組織將 BA.1、BA.1.1 和最新的 BA.2 確定為最常見(jiàn)的亞系。日本Yamasoba 等人最近的一項(xiàng)研究（2022 年）, 是將這三個(gè) Omicron 譜系與最新的 Delta 變體的可傳播性進(jìn)行了比較。它確定 BA.2 具有四個(gè)中最高的可傳播性。該研究的預(yù)印本可在http://bioarxiv.org獲得。該研究的一個(gè)有趣方面是應(yīng)用貝葉斯多層次模型來(lái)表示譜系生長(zhǎng)動(dòng)態(tài)。在這篇文章中，我演示了如何使用 Stata 的bayesmh和bayesstats命令來(lái)執(zhí)行類似的分析。

　　數(shù)據(jù)集可在http://github.com上獲得。數(shù)據(jù)來(lái)自 GISAID 數(shù)據(jù)庫(kù)：https://www.gisaid.org/hcov19-variants/，2022 年 2 月 1 日。

　　在 2021 年 10 月 1 日至 2022 年 1 月 25 日的 117 天內(nèi)，收集了 11 個(gè)國(guó)家的每個(gè)譜系病例數(shù)的觀察結(jié)果。

　　有些國(guó)家的數(shù)據(jù)不完整。特別是對(duì)于菲律賓，只有 43 天的數(shù)據(jù)可用，正如我們稍后將看到的，這會(huì)影響分析。

　　貝葉斯多級(jí)多項(xiàng)式模型

　　為了改進(jìn)采樣，我阻止了一些參數(shù)并在后驗(yàn)域內(nèi)提供初始值。

　　該模型沒(méi)有明顯的收斂問(wèn)題，超參數(shù)的平均采樣效率為 7%，效果不錯(cuò)。

　　各國(guó)的相對(duì)有效再生產(chǎn)

　　根據(jù)后驗(yàn)均值估計(jì)，BA.1.1 的繁殖率比 BA.1 高約 6%，BA.2 高約 39%，Delta 比 BA.1 低約 30%。這些結(jié)果與論文中的發(fā)現(xiàn)一致，即 BA.2 的有效繁殖能力是 BA.1 的 1.4 倍。

　　下面，我展示了按國(guó)家/地區(qū)劃分的相對(duì)有效繁殖數(shù)的圖。繪制的是后驗(yàn)平均值以及 95% 的可信區(qū)間。

　　第一個(gè)圖將 BA.1.1 與 BA.1 進(jìn)行比較。

　　除國(guó)家1 奧地利外，所有值均大于 1。同樣明顯的是，國(guó)家6 菲律賓的可信區(qū)間很寬，這可能是由于可用的觀測(cè)天數(shù)少得多，只有 43 天，而其他國(guó)家則為 110 天或更多。

　　第二個(gè)圖將 BA.2 與 BA.1 進(jìn)行比較。

　　同樣，菲律賓的繁殖數(shù)量具有更高的可變性，并且傾向于使全國(guó)平均繁殖數(shù)量上移。

　　第三個(gè)圖將 Delta 與 BA.1 進(jìn)行了比較。

　　正如我們所預(yù)料的那樣，所有的繁殖數(shù)都小于 1，菲律賓的繁殖數(shù)比其他國(guó)家的變異性更高。

　　敏感性分析

　　我還為隨機(jī)斜率擬合了一個(gè)具有正常先驗(yàn)的模型。

　　從總結(jié)中可以明顯看出，再生數(shù)估計(jì)沒(méi)有實(shí)質(zhì)性變化，這表明我們的初始模型對(duì)隨機(jī)斜率的先前規(guī)范是穩(wěn)健的。

　　正如我們?cè)谏厦婵吹降?，由于樣本較小，菲律賓的再生數(shù)估計(jì)值具有很大的可變性。在將菲律賓從估計(jì)樣本中排除后，檢查這些估計(jì)值的變化是很有趣的。

　　現(xiàn)在 3 個(gè)相對(duì)繁殖數(shù)的后驗(yàn)估計(jì)都接近 1。特別是 BA.2 與 BA.1.1 相比，后驗(yàn)均值從 1.4 下降到 1.3，因此表明在傳播性。此外，BA.1.1 和 BA.2 的相對(duì)再現(xiàn)的 95% 可信區(qū)間現(xiàn)在包括 1。（Nikolay Balov）

　　參考

　　Yamasoba, D., I. Kimura, H. Nasser, Y. Morioka, N. Nao, J. Ito, K. Uriu, et al. 2022.Virological characteristics of SARS-CoV-2 BA.2 variant. https://doi.org/10.1101/2022.02.14.480335.

　　Stata軟件訂購(gòu)：

　　如需訂購(gòu)Stata V17最新版軟件，請(qǐng)聯(lián)系Stata中國(guó)授權(quán)經(jīng)銷商及合作伙伴北京友萬(wàn)信息科技有限公司（http://www.uone-tech.cn）。我司擁有強(qiáng)大的售后服務(wù)團(tuán)隊(duì)，聚合國(guó)內(nèi)一線Stata行業(yè)專家為客戶提供優(yōu)質(zhì)的技術(shù)支持服務(wù)，并幫助中國(guó)用戶建立完善的軟件服務(wù)體系。手機(jī)/微信：18610597626 郵箱：crystal@uone-tech.cn。