傳遞新科學(xué)：
分子模擬對于建模和理解復(fù)雜的生物分子系統(tǒng)至關(guān)重要。Discovery Studio?的2022版本包括抗體-賦形劑相互作用預(yù)測，以增強(qiáng)生物療法的配方。基于BIOVIA Pipeline Pilot?, Discovery Studio?被定位為生命科學(xué)研究中全面的協(xié)作建模和仿真的應(yīng)用程序。
DISCOVERY STUDIO 2022：
作為2022年BIOVIA產(chǎn)品發(fā)布系列的一部分，Discovery Studio 2022繼續(xù)提供生物治療、仿真和小分子研究領(lǐng)域的科學(xué)新進(jìn)展。
新的和增強(qiáng)的功能：
新功能！輔料相互作用預(yù)測
(1) 一個新的Protocol，預(yù)測賦形劑相互作用，預(yù)測抗體配方中常見賦形劑與抗體表面殘基優(yōu)先相互作用1。
(2) 分子動力學(xué)模擬生成的支持向量機(jī)(Support Vector Machine)和彈性網(wǎng)絡(luò)(Elastic Net)機(jī)器學(xué)習(xí)模型，預(yù)測6種配方輔料的分子相互作用，包括山梨醇、蔗糖、海藻糖、脯氨酸、精氨酸·HCl和NaCl。
(3) 用Γ23值(優(yōu)先相互作用系數(shù))著色的蛋白質(zhì)表面顯示局部賦形劑分子與局部水分子的相互作用。
(4) 與現(xiàn)有的聚合和粘度預(yù)測工具一起使用，使得配方設(shè)計能夠在開發(fā)過程的早期進(jìn)行。
圖1：紅色的正值表示較高的Γ23值，對應(yīng)于更多的局部賦形劑分子與抗體的相互作用，而藍(lán)色的負(fù)值對應(yīng)于更多的局部水分子與抗體的相互作用。
新功能！描述符生成組件
(1) 計算蛋白質(zhì)特征和序列描述符組件計算用于機(jī)器學(xué)習(xí)的基于結(jié)構(gòu)和序列的描述符。
(2) 新的腳本API支持標(biāo)準(zhǔn)和專用功能計算，例如，特定殘留物類型的特定原子間距離。
增強(qiáng)功能！蛋白質(zhì)建模
(1) 計算蛋白質(zhì)配方屬性的protocol自動創(chuàng)建聚合位點(diǎn)和表面，以便使用View Aggregation Sites工具進(jìn)行分析。
(2) Charge Map中的正電荷和負(fù)電荷區(qū)域可作為Site group操作。
(3) 添加到RCSB結(jié)構(gòu)搜索Protocol中的配體子結(jié)構(gòu)搜索查詢，以及RCSB服務(wù)器中的所有可用匹配類型。
圖2：查看聚合位點(diǎn)的詳細(xì)信息。
增強(qiáng)功能！增強(qiáng)模擬功能
(1) 減少了大型溶劑化系統(tǒng)模擬時的內(nèi)存消耗。
(2) Assign Forcefield Protocol基于用戶RTF文件可用于RNA和DNA模板。
增強(qiáng)功能！增強(qiáng)的各種藥效團(tuán)模型
(1) Interaction Pharmacophore Generation Protocol中支持的核酸。
(2) Interaction Pharmacophore Generation Protocol建立具有50個以上非鍵相互作用的受體-配體復(fù)合物的藥效團(tuán)模型。
(3) Ligand Profiler protocol包括一個選項(xiàng)，可以在選擇匹配時化特征數(shù)量或化藥效團(tuán)匹配。
(4) Screen Library protocol包括一個選項(xiàng)，即僅報告每個分子的擬合藥效團(tuán)。
圖3：核酸相互作用藥效團(tuán)。
增強(qiáng)功能！增強(qiáng)客戶端功能
(1) 根據(jù)URL訪問AlphaFold蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫。
(2) 根據(jù)每個殘基的置信度得分，從AlphaFold蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫中對蛋白質(zhì)進(jìn)行著色。
(3) 無需對齊，計算RMSD和相似性屬性。
(4) 無需使用服務(wù)器，分析報表。
圖4：AlphaFold蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫中的一種蛋白質(zhì)，用每殘基置信度得分著色。
CHARMm：包含學(xué)術(shù)版CHARMm，版本c44b22。
NAMD：CPU和GPU，版本2.13。
MODELER：包含2022版本的學(xué)術(shù)版 MODELER，版本 9.243。
BLAST+：BLAST+版本2.10.1。
GOLD：支持2021GOLD。
兼容性：
Discovery Studio 2022基于BIOVIA Pipeline Pilot 2022構(gòu)建。
REFERENCES：
(1) Cloutier T. K., Sudrik C., Mody N., Sathish H. A., Trout B. L., Molecular Pharmaceutics, 2020, 17, 3589-3599.
(2) Brooks B. R., Brooks III C. L., Mackerell A. D., Karplus M., et al, J. Comp. Chem., 2009, 30, 1545-1615.
(3) Eswar N., Marti-Renom M. A. Webb B., Madhusudhan M. S., Eramian D., Shen M., Pieper U., Sali A., Current Protocols in Bioinformatics, John Wiley & Sons, Inc., 2006, Supplement 15, 5.6.1-5.6.30.
公司簡介：
北京泰科博思科技有限公司（Beijing Tech-Box S&T Co. Ltd.）成立于2007年，是國內(nèi)領(lǐng)先的分子模擬及虛擬仿真綜合解決方案提供商。
北京泰科博思科技有限公司與國際領(lǐng)先的模擬軟件廠商、開發(fā)團(tuán)隊(duì)深入合作，為高校、科研院所和企業(yè)在材料、化工、藥物、環(huán)境、生命科學(xué)、人工智能及數(shù)據(jù)挖掘、虛擬仿真教學(xué)等領(lǐng)域提供專業(yè)的整體解決方案。用戶根據(jù)需要在我們的平臺上的進(jìn)行各種模擬實(shí)驗(yàn)指導(dǎo)實(shí)際的生產(chǎn)設(shè)計。
北京泰科博思科技有限公司擁有一支技術(shù)服務(wù)團(tuán)隊(duì)和資深的專家咨詢團(tuán)隊(duì)，以客戶真正需求出發(fā)，服務(wù)客戶，為客戶創(chuàng)造價值。我們秉承“職業(yè)、敬業(yè)、擔(dān)當(dāng)、拼搏、合作”的企業(yè)精神，致力于用國際領(lǐng)先的軟件產(chǎn)品和專業(yè)全面的技術(shù)支持服務(wù)，成為客戶可信賴的合作伙伴。
