微生物分類
形態(tài)特征“
(1)個體形態(tài) 鏡檢細胞形狀、大小、排列，革蘭氏染色反應，運動性，鞭毛位置、數目，芽孢有無、形狀和部位，莢膜，細胞內含物;放線菌和真菌的菌絲結構，孢子絲、孢子囊或孢子穗的形狀和結構，孢子的形狀、大小、顏色及表面特征等。
培養(yǎng)特征
1)在固體培養(yǎng)基平板上的菌落(colony)和斜面上的菌苔(lawn)性狀(形狀、光澤、透明度、顏色、質地等);
2)在半固體培養(yǎng)基中穿刺接種培養(yǎng)的生長情況;
3)在液體培養(yǎng)基中混濁程度，液面有無菌膜、菌環(huán)，管底有無絮狀沉淀，培養(yǎng)液顏色等。
生理生化特征
(1)能量代謝 利用光能還是化學能;
(2)對氧氣的要求 專性好氧、微需氧、兼性厭氧及專性厭氧等;
(2)營養(yǎng)和代謝特性 所需碳源、氮源的種類，有無特殊營養(yǎng)需要，存在的酶的種類等。
生態(tài)習性
生長溫度，酸堿度，嗜鹽性，致病性，寄生、共生關系等。
血清學反應
用已知菌種、型或菌株制成抗血清，然后根據它們與待鑒定微生物是否發(fā)生特異性的血清學反應，來確定未知菌種、型或菌株。
噬菌反應
菌體的寄生有專一性，在有敏感菌的平板上產生噬菌斑，斑的形狀和大小可作為鑒定的依據;在液體培養(yǎng)中，噬菌體的侵染液由混濁變?yōu)槌吻?。噬菌體寄生的專業(yè)性有差別，寄生范圍廣的謂多價噬菌體，能侵染同一屬的多種細菌;單價噬菌體只侵染同一種的細菌;極端專業(yè)化的噬菌體甚至只對同一種菌的某一菌株有侵染力，故可尋找適當?；氖删w作為鑒定各種細菌的生物試劑。
細胞壁成分
革蘭氏陽性細菌的細胞壁含肽聚糖多，脂類少。革蘭陰性細菌與之相反。鏈霉菌屬(Streptomyces)的細胞壁含丙氨酸、谷氨酸、甘氨酸和2，6-氨基庚二酸，而含有阿拉伯糖是諾卡氏菌屬(Nocardia)的特征。霉菌細胞壁則主要含幾丁質。
紅外吸收光譜
利用紅外吸收譜技術測定微生物細胞的化學成分，了解微生物的化學性質，作為分類依據之一。
GC含量
生物遺傳的物質基礎是核酸，核酸組成上的異同反映生物之間的親緣關系。就一種生物的DNA來說，它的堿基排列順序是固定的。測定四種堿基中鳥嘌呤(G)和胞密啶(C)所占的摩爾百分比，就可了解各種微生物DNA分子不同源性程度。親緣關系接近的微生物，它們的G+G含量相同或近似的兩種微生物，不一定緊密相關，因為它們的DNA的四個堿基的排列順序不一定相同。
DNA雜合率
要判斷微生物之間的親緣關系，須比較它們的DNA的堿基順序，最常用的方法是DNA雜合法。其基本原理是DNA解鏈的可逆性和堿基配對的專一性。提取DNA并使之解鏈，再使互補的堿基重新配對結合成雙鏈。根據能生成雙鏈的情況，可測知雜合率。雜合率越高，表示兩個DNA之間堿基順序的相似越高，它們間的親緣關系也就越近。
核糖體核糖酸(rRNA )相關度
在DNA相關度低的菌株之間，rRNA同源性能顯示它們的親緣關系。Rrna-DNA分子雜交試驗可測定Rrna的相關度，揭示Rrna 的同源性。
rRNA的堿基順序
RNA的堿基順序由DNA轉錄來的，故完全具有相對應的關系。提取并分離細菌內標記的16SrRNA,以核糖核酸消化，可獲得各種寡核苷酸，測定這些寡核苷酸上的堿基順序，可作為細菌分類學的一種標記。
核糖體蛋白的組成分析
分離被測細菌的30S和50S核糖體蛋白亞單位，比較其中所含核糖體蛋白的種類及其含量，可將被鑒定的菌株分為若干類群，并繪制系統(tǒng)發(fā)生圖。
編輯本段微生物的分類系統(tǒng)這里僅簡述原核微生物和真核微生物的分綱體系。
原核生物界(Procaryotae)
(1) 光能營養(yǎng)原核生物門
Ⅰ 藍綠光合細菌綱(藍細菌類)
?、?紅色光合細菌綱
Ⅲ 綠色光合細菌綱
(2)化能營養(yǎng)原核生物門
?、?細菌綱
?、?立克次氏體綱
?、?柔膜體綱
Ⅳ 古細菌綱
真核微生物(Eucaryotic microbes)
真核策生物主要包括各類真菌，還有粘菌等。
真菌劃分各能分類單位的基本原則是以形態(tài)特征為主，生理生化、細胞化學和生態(tài)等特征為輔。絲狀真菌主要根據其孢子產生的方法和孢子本身的特征，以及培養(yǎng)特征來劃分各級的分類單位。一些病原真菌的鑒定，寄生和癥狀也可作為參考依據。真菌可分以下四綱：
?、?藻狀菌綱 菌絲體無分隔，含多個核。有性繁殖形成卵孢子或接合孢子。
?、?子囊菌綱 菌絲體有分隔，有性階段形成子囊孢子。
Ⅲ 擔子菌綱 菌絲體有分隔，有性階段形成擔孢子。
?、?半知菌綱 包括一切只發(fā)現無性世代未發(fā)現有性階段的真菌。
粘菌也可分為四綱，即
?、?網粘菌綱 自細胞兩端各自伸出長的粘絲并接連形成粘質的網絡——假原質團。
?、?集胞粘菌綱 分泌集胞粘菌素，形成假原質團。
?、?粘菌綱 形成原質團，腐生性自由生活。
Ⅳ 根腫病菌綱 形成原質團，專性寄生。亦有將之歸于真菌類。
