作為全球最大的科學(xué)計(jì)算軟件提供商BIOVIA公司在生命科學(xué)領(lǐng)域的核心產(chǎn)品，Discovery Studio是一款應(yīng)用于生命科學(xué)預(yù)測(cè)領(lǐng)域的綜合性分子模擬軟件，集成了目前分子模擬領(lǐng)域的各種經(jīng)典、先進(jìn)算法，通過用戶體驗(yàn)友好的操作界面以及高質(zhì)量的圖形顯示，在計(jì)算生物學(xué)和藥物設(shè)計(jì)領(lǐng)域都有著廣泛的應(yīng)用。Discovery Studio構(gòu)建于BIOVIA Pipeline Pilot之上，為研究隊(duì)伍的合作與信息共享提供了優(yōu)秀的平臺(tái)。
Discovery Studio 2017 R2是Discovery Studio軟件的最新版本，由BIOVIA公司向全球正式發(fā)布。新版本的Discovery Studio在性能和效率上都得到了加強(qiáng)，并加入新方法，使其功能更加完善。
新特性簡(jiǎn)介：
■ 與最新發(fā)布的BIOVIAPipeline Pilot 2017 R2相兼容;
■小分子設(shè)計(jì)：
•新!新增Generate Analog Conformations模塊，在給定以蛋白結(jié)合口袋為參照系具有明確3D幾何構(gòu)象的先導(dǎo)化合物時(shí)，可獲得其同系化合物的3D幾何構(gòu)象，且可采用in-situ MM-GBSA對(duì)配體結(jié)合進(jìn)行打分排序;
•新!新增Set Up Relative FEP Calculation、Free Energy Perturpation (NAMD)、Analyze FEP Results模塊，可基于自由能微擾(FEP)精確預(yù)測(cè)配體相對(duì)結(jié)合自由能;
■抗體理性設(shè)計(jì)
• Model Full Length Antibody模塊支持雙特異性抗體全長(zhǎng)結(jié)構(gòu)的模建;
• Model Full Length Antibody模塊支持將抗體Fab區(qū)結(jié)構(gòu)移植到抗體全長(zhǎng)模板結(jié)構(gòu)中以獲得更合適的起始結(jié)構(gòu)進(jìn)行抗體建模;
• Antibody Modeling Cascade模塊現(xiàn)支持將抗體Fab區(qū)模型嫁接到全長(zhǎng)抗體結(jié)構(gòu)模板中以獲得更準(zhǔn)確的抗體全長(zhǎng)結(jié)構(gòu)模型;
• Loop Refinement模塊改進(jìn)了looper算法，提高了loop區(qū)從頭預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確性;
■力場(chǎng)
• 完全支持CHARMM力場(chǎng)的補(bǔ)丁機(jī)制;
• charmm36力場(chǎng)的更新;
■客戶端
• 支持將分子以COLLAborative Design Activity (DAE)文件格式保存輸出;
■第三方程序的更新
• CHARMm 40b1
• MODELER 9v17
• DMol3 2017 R2
• NAMD 2.10
• 支持CCDC GOLD 5.5
■數(shù)據(jù)庫(kù)的更新
• Anitibody數(shù)據(jù)庫(kù)
• BLAST數(shù)據(jù)庫(kù)
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