理論上，任何光學(xué)系統(tǒng)都不能生成理想的像，因為客觀條件下，各類像差的存在影響了生物顯微鏡成像質(zhì)量。除了像差之外，還有一些顯微鏡自身存在的因素影響顯微鏡的成像質(zhì)量。主要有如下幾點：
(1)在使用顯微鏡時，被檢物體做的比較標(biāo)準(zhǔn)很重要。如：切片厚度是否太厚，蓋玻片是否符合國際標(biāo)準(zhǔn)等。
(2)顯微鏡物鏡按檔次可分為6~8個檔，最常用的為平場消色差物鏡。如鏡頭檔次太低，則成像質(zhì)量會下降。因此，建議選擇平場以上檔次物鏡。
(3)聚光鏡孔徑光欄盡量和物鏡的數(shù)值孔徑相符，才能得到最佳的圖像分辨率。
(4)調(diào)焦系統(tǒng)作為機(jī)械部分的重要部件，調(diào)焦精度也非常重要。對于生物學(xué)初學(xué)者或剛接觸顯微鏡的操作者，熟練使用調(diào)調(diào)焦系統(tǒng)，能快速找到圖像并聚焦，提高工作效率。
(5)載物臺在觀察切片時，常做X、Y軸的移動。如：雙層機(jī)械移動臺，精度和穩(wěn)定性較好，能在觀察顯微圖像時提供好的成像質(zhì)量。
(6)非球面聚光鏡能提供非常均勻的照明光線，所觀察到的顯微圖像襯度極佳。
(7)視場光欄應(yīng)根據(jù)觀察不同的被檢物體和物鏡倍率開啟到合適的位置，如開得過大或過小顯微圖像的視場亮度會受到影響。
(8)照明系統(tǒng)如采用溫度低，色溫較高的照明裝置，觀察到的是分辨率和銳利度極高的顯微圖像。
(9)采用科勒照明系統(tǒng)，能調(diào)節(jié)光學(xué)的中心像。科研級的顯微鏡均采用此系統(tǒng)，為鏡檢和專業(yè)數(shù)碼顯微成像系統(tǒng)，提供優(yōu)質(zhì)的顯微照片。
